Allerdings gerät das Safeguard-System auch an seine Grenzen, wenn zum einen, wie es der Fall des Irak von 2003 verdeutlicht, Staaten nicht auf die Inspektionsberichte achten. 2003 gelangten Inspekteure der IAEA und der UN zu dem Ergebnis, dass der Irak über kein aktives Atomprogramm verfügte und trotzdem marschierten die USA und andere Staaten in den Irak ein.